Strona główna
|
Oddział Gdański
Przewodniczący - dr hab. Borys Wróbel (e-mail: mailto:bwrobel@iopan.gda.pl)
Komisja Rewizyjna: 15 osób wzięło udział w trzydniowym kurs analizy filogenetycznej zorganizowanym w dniach 13 - 15 maja 2010 r. przez Oddział Gdański Polskiego Towarzystwa Genetycznego, przy współpracy Instytutu Oceanologii PAN oraz Sopockiego Towarzystwa Naukowego. Celem kursu było przybliżenie uczestnikom zagadnień związanych z analizą filogenetyczną. Warsztaty objęły wykłady i ćwiczenia prowadzone przez dr. hab. Borysa Wróbla i mgr inż. Aleksandrę Czarną. Plan zajęć: 13 maja: Drzewa genów i gatunków. Poszukiwania w bazach danych: homologia, podobieństwo, ortologi, paralogi. Problem istotności. Otrzymywanie drzewa na podstawie macierzy odległości ewolucyjnych. Zestawienie sekwencji i jego poprawianie. 14 maja: Metody inferencji filogenetycznej oparte na modelach. Największa wiarogodność. Bayesowska analiza filogenetyczna. 15 maja: Zegar molekularny. Testowanie hipotez i źródła niepewności. Problem sygnału filogenetycznego. -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------11 lutego o 18:30 zorganizowaliśmy dwieście pierwsze Urodziny Darwina w Hotelu Rezydent w Sopocie (Plac Konstytucji 3 Maja, początek ulicy Monte Cassino). Około 70 osób przysłuchiwało się dyskusji zaproszonych prelegentów na temat: Czy teoria ewolucji jest dalej ideą rewolucyjną, zmienia nasze spojrzenie na świat i miejsce w nim człowieka? Udział wzieli: Prof. Tomasz Szkudlarek, Prof. J. Marcin Węsławski i Dr hab. Borys Wróbel Imprezie patronował Wydzial Biologii UG, Instytut Oceanologii PAN oraz Komitet Biologii Ewolucyjnej i Teoretycznej PAN. ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- 18 osób wzięło udział w trzydniowym kursie pt. Metody klasteryzacji hierarchicznej w biologii zorganizowanym przez Oddział Gdański Polskiego Towarzystwa Genetycznego wraz z Sopockim Towarzystwem Naukowym i Instytutem Oceanologii PAN. Celem kursu było przybliżenie uczestnikom metod klasteryzacji danych biologicznych. Warsztaty obejmowały zarówno wykłady jak i zastosowanie omawianych metod. Ćwiczenia były wykonywane w pakiecie R (Freeware). Plan zajęć: 4 lutego dr hab. Borys Wróbel / mgr Joanna Całkiewicz (Instytut Oceanologii PAN, Sopot): Wstęp do pakietu statystycznego R. 5 lutego dr Przemysław Biecek (Instytut Matematyki Stosowanej i Mechaniki, UW): Wprowadzenie do analizy skupień oraz do hierarchicznej analizy skupień. Prosty przykład wyznaczania dendrogramu (metoda przez łączenie). Różne metody wyznaczania odległości pomiędzy obiektami oraz różne kryteria łączenia grup. Inne algorytmy grupowania, grupowanie przez podział, algorytmy grupowania dużych zbiorów danych i grupowanie rozmyte (metody: diana, clara, mona). 6 lutego dr Przemysław Biecek (Instytut Matematyki Stosowanej i Mechaniki, UW): Bootstrapowe metody oceny stabilności grupowania (pakiet pvclust). Techniki skalowania wielowymiarowego i ich związek z analizą skupień. Inne zagadnienia związane z analizą skupień (likelihood linkage analysis z pakietu LLAhclust, wyszukiwanie skupień z pakietu dynamicTreeCut, klastrowanie hybrydowe z pakietu hybridHclust). ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- Ponad 250 osób wzięło udział w Trzecim Pomorskim Seminarium Genetyki: Genetyka człowieka, zorganizowanym przez Sopockie Towarzystwo Naukowe, Oddział Gdański Polskiego Towarzystwa Genetycznego oraz Wydział Biologii Uniwersytetu Gdańskiego. Główną organizatorką była Pani Dr Monika Słomińska-Wojewódzka. Większość słuchaczy stanowili uczniowie szkół średnich, zaproszeni na seminarium dzięki współpracy Biura Promocji Wydziału Biologii UG (a szczególnie Pani Dr Krystyny Burkiewicz). Spotkanie odbyło się 27 stycznia 2010 roku w Auli Wydziału Biologii (sala nr 22, parter, ul. Kładki 24, Gdańsk) Program: 13:15-13:20: Powitanie, Prof. dr hab. Grzegorz Węgrzyn 13:20-14:05: „Współczesna genetyka sądowa,” Prof. dr hab. Ryszard Pawłowski (Katedra Medycyny Sądowej GUMed) 14:10-14:55: „Aktualne i potencjalne metody leczenia chorób dziedzicznych,” Prof. dr hab. Grzegorz Węgrzyn (Katedra Biologii Molekularnej UG) 15:00-15:10: Przerwa 15:10-15:40: „Polimorfizm genów cytokin i czynników wzrostu w mastocytozie - badania w ramach Europejskiej Sieci Badania Mastocytozy (ECNM)," Dr Bogusław Nedoszytko (Katedra i Klinika Dermatologii, Wenerologii i Alergologii GUMed) 15:45-16:05: „Nielosowa inaktywacja chromosomu X,” Dr Joanna Jakóbkiewicz-Banecka (Katedra Biologii Molekularnej UG) 16:10-16:30: „Inaktywacja p53 - od genu do białka, czyli znaczenie diagnostyczne i terapeutyczne w chorobach nowotworowych," Dr Joanna Zawacka-Pankau (Katedra Biotechnologii, MWB UG-GUMed) ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- 20 osób wzięło udział w Drugim Pomorskim Seminarium Genetyki: (Meta)genomika i ekologia molekularna, zorganizowanym przez Sopockie Towarzystwo Naukowe oraz Oddział Gdański Polskiego Towarzystwa Genetycznego i Polskiego Towarzystwa Mikrobiologów. Organizatorami byli Ewa Kotlarska i Borys Wróbel. Spotkanie odbyło się 18 stycznia 2010 roku w sali im. Prof. Borysa Dixona Morskego Instytutu Rybackiego, dzięki pomocy Dr Barbary Urban-Malingi. Program: 12:00-12:20: „Pierwotniaki w środowisku morskim,” Katarzyna Piwosz (Zakład Ekologii Morza IO PAN) 12:20-12:40: „Bakterie bałtyckie oporne na antybiotyki i metale ciężkie,” Ewa Kotlarska, Borys Wróbel (Zakład Genetyki i Biotechnologii Morskiej IO PAN 12:40-13:00: „(Meta)genomika morskiego wiriobentosu,” Magdalena Jakubowska, Marcin Łoś, Borys Wróbel (Zakład Genetyki i Biotechnologii Morskiej IO PAN) 13:00-13:20: „(Meta)genomika bakteriofagów izolowanych ze ścieków,” Agata Jurczak-Kurek, Marcin Łoś, Borys Wróbel (Katedra Biologii Molekularnej UG, Zakład Genetyki i Biotechnologii Morskiej IO PAN) 13:20-13:40 Przerwa 13:40-14:00 „ Ekologia morskiego meiobentosu ze szczególnym względnieniem Nematoda,” Barbara Urban-Malinga (Zakład Oceanografii Rybackiej i Ekologii Morza MIR) 14:00-14:20 „ Rozpoznanie struktury genetycznej populacji ryb użytkowych z zastosowaniem markerów molekularnych,” Anna Wąs (Zakład Zasobów Rybackich MIR) 14:20-14:40 „ Wpływ czynników abiotycznych na morfometrię i motorykę plemników ryb południowego Bałtyku,” Edyta Gosz (Zakład Zasobów Rybackich MIR) 14:40-15:00 „ Zastosowanie spektrometrii mas w taksonomii cyjanobakterii,” Hanna Mazur-Marzec (Regionalne Centrum Sinicowe Instytut Oceanografii UG) ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- 18 osób wzięło udział w czerwcowym kursie pt. Metody klasteryzacji hierarchicznej w biologii, zorganizowanym przez Odział Gdański Polskiego Towarzystwa Genetycznego, przy współpracy Sopockiego Towarzystwa Naukowego i Instytutu Oceanologii PAN ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- 16 osób wzięło udział w Pierwszym Pomorskim Seminarium Genetyki pt. Metagenomika i mikrobiologia środowiskowa”, zorganizowanym przez Oddział Gdański Polskiego Towarzystwa Genetycznego i Polskiego Towarzystwa Mikrobiologicznego oraz Sopockie Towarzystwo Naukowe. Organizatorami byli Ewa Kotlarska i Borys Wróbel; seminarium odbyło się 9 czerwca 2009 roku w sali seminaryjnej Katedry Mikrobiologii Politechniki Gdańskiej dzięki pomocy Dr Huberta Cieślińskiego. Program: 16:00-16:20„Binning sekwencji metagenomowych - nowe podejście,” Marcin Gołębiewski (Zakład Biotechnologii UMK) 16:20-16:40 „Konstrukcja bibliotek z DNA glebowego - problemy” Edyta Deja-Sikora (Zakład Biotechnologii UMK) 16:40-17:00 „Badania metagenomu gleby antarktycznej,” Hubert Cieślinski (Katedra Mikrobiologii PG) 17:00-17:20 „Nowe strategie sekwencjonowania," Tadeusz Kaczorowski (Katedra Mikrobiologii UG) 17:20-17:30 Przerwa 17:30-17:50 „Metagenomika morskiego wiriobentosu”< Magdalena Jakubowska, Borys Wróbel (Instytut Oceanologii PAN) 17:50-18:10 „Metagenomika wirusów pochodzących ze ścieków komunalnych,” Agata Jurczak, Marcin Łoś (Katedra Biologii Molekularnej UG) 18:10-18:30 „Analiza genomów sinic,” Krzysztof Waleron (Katedra Biotechnologii UG) ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- 11 lutego 2009 zorganizowaliśmy 200. urodziny Karola Darwina!  Ponad 120 osób wzięło udział w obchodach urodzin Karola Darwina, zorganizowanych przez Sopockie Towarzystwo Naukowe i oddział gdański Polskiego Towarzystwa Genetycznego przy współudziale Wydziału Biologii Uniwersytetu Gdańskiego i Międzyuczelnianego Wydziału Biotechnologii UG-AMG. W sopockim Atelier zabrakło miejsc siedzących, ale na szczęście nie zabrakło urodzinowego tortu ani "bulionu pierwotnego" dla gości. W skład bulionu weszły tłuszcze, aminokwasy, kwasy nukleinowe, polisacharydy i woda z komet. Zupa została ugotowana z atomów, które miały ponad 4 miliardy lat (a niektóre nawet i 13) i zawierała atomy, które pływały z oryginalnym bulionie pierwotnym. Ideę, że życie powstało na drodze naturalnego procesu w "małej ciepłej kałuży" Karol Darwin przedstawił w prywatnym liście do przyjaciela. Jednak jego głównym dziełem była opublikowana 150 lat temu książka "O powstawaniu gatunków". Trudno przecenić rolę tej pracy dla rozwoju myśli ludzkiej. Jej wpływ można porównywać z innymi wielkimi pracami w historii nauki - takimi jak "O obrotach ciał niebieskich" Mikołaja Kopernika czy "Matematycznymi podstawami historii naturalnej Izaaka Newtona. W "O powstawaniu gatunków" Darwin przedstawił teorię wspólnego pochodzenia wszystkich istot żywych na Ziemi i mechanizm tłumaczący, dlaczego żywe istoty sprawiają wrażenie zaprojektowanych. Ten mechanizm to dobór naturalny, proces dwuetapowy. Po pierwsze, w każdym pokoleniu rodzą się liczne osobniki charakteryzujące się indywidualną zmiennością o podłożu genetycznym. Innymi słowy, osobniki różnią się między sobą, a te różnice są dziedziczne. Po drugie, z tej puli osobników, ze względu na ograniczone zasoby środowiska, przeżywają i wydają potomstwo tylko nieliczne. Są to te osobniki, które dzięki szczególnej kombinacji dziedzicznych cech są najlepiej przystosowane. Jako że potomstwo dziedziczy cechy rodziców, w kolejnych pokoleniach osobniki "radzą sobie" coraz lepiej, co właśnie sprawia, że wydają się zaprojektowane. W czasach Darwina mechanizm dziedziczenia cech był nieznany i teoria wzbudzała wiele kontrowersji. Współczesne odkrycia genetyki pozwalają na wypełnienie tych brakujących szczegółów. Co więcej teoria ewolucji stała się spoiwem wszelkich nauk biologicznych, odegrała ogromną rolę w rozwoju współczesnej medycyny, a także stała się narzędziem w inżynierii, gdzie symulowany w komputerze proces ewolucyjny może być stosowany jako alternatywa dla rozwiązań projektowanych przez człowieka. Karol Darwin byłby zatem zapewne niezwykle szczęśliwy takim obrotem sprawy... Dlatego dwusetlecie jego urodzin (12 lutego 1809 roku) uczczone zostało radosnym happeningiem. Spotkanie rozpoczęło się od pokazu fragmentu filmu "Geniusz Karola Darwina" Richarda Dawkinsa. Pierwszą prezentacje na temat roli idei Darwina dla biologii przedstawił Prof. Jarosław Marszałek z Międzyuczelnianego Wydziału Biotechnologii UG-AMG. Po kolejnym krótkim fragmencie filmu "Drzewo życia", przygotowanym na 200 urodziny Darwina przez BBC i komentowanym przez Davida Attenborough, o wykorzystaniu procesów ewolucyjnych w inżynierii opowiedział Dr hab. Borys Wróbel z Instytutu Oceanologii PAN. Następne prezentacje przedstawiła dwójka humanistów z Uniwersytetu Gdańskiego: Prof. Ludwik Kostro, który opowiedział o wpływie darwinizmu na filozofię i teologię oraz Dr Beata Williamson, która opowiedziała o naturalizmie w literaturze. Sopockie Towarzystwo Naukowe (http://stn.edu.pl/), oprócz Urodzin Darwina, bierze udział w organizacji konkursów dla uczniów szkół ponadpodstawowych z okazji Dnia Darwina (dokladne informacje: http://www.dziendarwina.pl/). STN działa od 2007 roku i od tego czasu zaprasza na swoje spotkania popularnonaukowe. Do tej pory odbyło się ich ponad 40. Co roku kilka poświęcanych jest genetyce - na te spotkania STN zaprasza wspólnie z oddziałem gdańskim PTGen. |
